استخدام المياه المفلترة يمكن أن يتسبب في نقص المعادن الضرورية في الماء، مما يؤثر على صحة الإنسان على المدى الطويل. يفضل الحفاظ على توازن مناسب في تناول المعادن الضرورية للجسم.
تقول الدراسات إن المشكلة الرئيسية في المياه المفلترة هي أنها نقية جداً وتفتقر إلى المعادن الضرورية. إعادة توزيع المياه بشكل غير كافٍ بين أجزاء الجسم يمكن أن يؤثر على وظائف الأعضاء الحيوية. ووجود المعادن مثل البوتاسيوم والكالسيوم والمغنيسيوم يساعد في التخلص من الصوديوم الزائد في الجسم ويقلل من خطر فقدان العظام وحصوات الكلى.
تأثيرات شرب المياه المفلترة على المدى الطويل تشمل التعب، والضعف، والصداع، والتشنجات العضلية، وضعف معدل ضربات القلب، وربما ارتباطها بمشاكل صحية مثل السرطان، وارتفاع ضغط الدم، وقرحة المعدة والاثني عشر، والتهاب المعدة المزمن، وتضخم الغدة الدرقية، ومضاعفات الحمل. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن تؤدي إلى خسائر كبيرة في العناصر الغذائية عند استخدامها في الطهي، حيث يمكن أن تصل هذه الخسائر إلى 60% بالنسبة للمغنيسيوم والكالسيوم، وأكثر من 66% بالنسبة للنحاس، و70% بالنسبة للمنجنيز. يُفضل الغليان كبديل أكثر أمانًا لتحسين جودة المياه للشرب والطهي.